Założony 1703 przez Piotra I Wielkiego na Wyspie Zajęczej jako port morski. Od 1712 do 1918 roku stolica Rosji. Od XVIII wieku ośrodek kultury i nauki.

W 1715 roku założono Akademię Morską, w 1724 roku Akademię Nauk, w 1773 roku Instytut Górniczy, w 1819 roku uniwersytet.

W 1825 roku na placu Senackim w Sankt Petersburgu wybuchło powstanie dekabrystów.

W drugiej połowie XIX wieku w mieście działali narodnicy.

22 I 1905 miała miejsce krwawa niedziela, która zapoczątkowała rewolucję 1905-1907.

W 1917 rozgrywały się w Sankt Petersburgu wydarzenia rewolucji lutowej i październikowej. 1918-1920 atakowany dwukrotnie przez białogwardzistów N.N. Judenicza.

Podczas II wojny światowej od września 1941 do stycznia 1944 trwała niemiecka blokada miasta, podczas której zmarło z głodu ok. 630 tys. mieszkańców.